In einer Zeit, da andernorts grosse Hallenkirchen entstanden, wählte man für den Neubau der Berner Stadtkirche nochmals die Grundform der Basilika. Vom Grundriss her wird aber das Bestreben deutlich, die einzelnen Bauteile in einen grossen Einheitsraum zu verschmelzen. Deshalb existieren weder Chorumgang noch Querhaus; die Kapellen der Seitenschiffe - Privatstiftungen reicher Berner Familien - werden ebenfalls in den Gesamtraum integriert. Durchblicke zwischen den einzelnen Teilräumen sowie Detailformen - etwa die diagonal gestellten Pfeiler oder die Gewölbe - erzeugen Raumverschleifungen und unterstützen die einheitliche Gesamtwirkung des Innenraums.
In der Hochgotik war die Realisierung grösstmöglicher Höhe bei gleichzeitigem maximalem Lichteinfall eines der Hauptziele, was eine gewisse Verselbständigung der Technik zur Folge hatte. In Bern werden die Errungenschaften der gotischen Skelettbautechnik zwar angewendet, aber in den Dienst der architektonischen Gesamtform gestellt: anstelle schwindelnden Aufstrebens und intensiven Lichts werden in Bern massvolle Proportionen und mit den Chorfenstern eine fast bühnenhafte Beleuchtung gesucht. Die funktionale Trennung von Laienraum und Chor, ursprünglich vom eingebauten Lettner akzentuiert, wird auch im architektonischen Gesamtzusammenhang nachvollzogen.
Auch im Aufriss der Wände von Mittelschiff und Chorhaus sind Reduktion und Vereinfachung zum Prinzip erhoben. Die klassische französische Gotik schichtet drei Zonen aufeinander: Arkaden, Triforium (Umgang auf Höhe der Seitenschiffdächer) und Obergaden. In Bern finden wir nur zwei Zonen: Arkaden und Hochschiffwand. Die Fläche der Wand wird in der Hochgotik durchbrochen und überspielt: in Bern beherrscht sie die gesamte Zone von den Arkaden bis hinauf zum Gewölbeansatz. So sparen in Bern die Fenster und Blenden nicht die grösstmöglichen Öffnungen im tragenden Skelett aus, sondern sie sind sorgfältig bemessen, gliedernd und proportionierend in die Wand eingesetzt.
Bis zur Reformation waren die privat oder bruderschaftlich finanzierten Kapellen mit Schranken von den Seitenschiffen abgetrennt. Die Stifterfamilien, Gesellschaften und Bruderschaften hielten in ihren Kapellen private Messen und Gottesdienste ab. Die Kapellen waren mit Altären, Wappen, Glasmalereien und Kunstwerken ausgestattet.
Nordseite (von West nach Ost):
Gerbern-Kapelle (1471/1476 gewölbt. Seit 1999 Haupteingang und Infostelle)
Schopfer-Kapelle (auch Michel-Kapelle)
Bulzinger-Kapelle (später Metzgern-Kapelle)
Krauchthal-Kapelle (später von-Erlach-Kapelle)
Bubenberg-Kapelle (seit 1805 auch Steiger-Kapelle)
Südseite (von West nach Ost):
Erlach-Ligerz-Kapelle (1470/1476 gewölbt)
Schütz-Kapelle (auch Obere-Kirchtür-Kapelle)
Ringoltingen-Kapelle (auch Bonstetten-Kapelle)
Diesbach-Kapelle
Lombach-Kapelle (vor 1473 Portalhalle, bis 1500 Kapelle der Bruderschaft Unser Frauen Empfängnis)
Brüggler-Kapelle
Matter-Kapelle (auch von-Roll-Kapelle)
Der Chor des Münsters enthält sechs grosse, vierbahnige, spätgotische Masswerkfenster mit Glasmalereien. Die bedeutendsten stammen aus der Mitte des 15. Jahrhunderts und sind Stiftungen bernischer Adels- und Notabelngeschlechter des späten Mittelalters. Entstanden sind sie zwischen 1441 und 1451. Drei Fenster, das Hostienmühlenfenster, das Dreikönigsfenster und das Wurzel-Jesse-Fenster sind nahezu original erhalten geblieben. Zwei Fenster, das Passions- und das Zehntausendritterfenster, verloren mehr als die Hälfte ihrer ursprünglichen Scheiben. Diese erhaltenen Reste wurden später im Mittelfenster vereinigt und durch weitere Scheiben ergänzt. Hauptsächlich verantwortlich für diese Schäden sind zwei schwere Hagelstürme, die zu Beginn des 16. Jahrhunderts Bern heimsuchten, wobei die Scheiben auf der Südseite deutlich mehr beschädigt wurden als auf der Nordseite. Ein weiteres Fenster, eine Stiftung der Familie von Scharnachtal, wurde bereits beim ersten schweren Hagelsturm komplett zerstört. 1868 ergänzte man das Ensemble durch zwei neue Fenster auf der Südseite. Die Scheiben des 19. Jahrhunderts ahmen die Komposition der älteren Fenster zwar nach, heben sich aber mit ihren kräftigen Farben und dem hohen Realismus der dargestellten Figuren deutlich von den mittelalterlichen ab.
Die Funktion der Glasmalereien bzw. der grossen Fenster im mittelalterlichen Kathedralenbau – so auch im Münster – lässt sich philosophisch-theologisch als eine Verbindung zum Göttlichen interpretieren: «Das Licht symbolisiert den Abstieg, die göttliche Selbstentäusserung in die Welt hinein. Den Wegen des Lichts folgend steigt umgekehrt der menschliche Geist über die sinnlich-materiale Welt hinauf zur intelligiblen Sphäre des Kosmos und kehrt so zu seinem Ursprung zurück.» (Lauster, Die Verzauberung der Welt, S. 234)
Das Chorgewölbe stammt aus der Zeit unmittelbar vor der Reformation. Es wurde, wie aus einer Inschrift ersichtlich ist, 1517 von Werkmeister Peter Pfister und unter Mitarbeit der Werkstatt von Niklaus Manuel (Dekoration der Gewölbekappen, Farbfassung der Bildhauerarbeiten) vollendet. Mit 87 figürlichen Schlusssteinen, die Brustbilder von Heiligen darstellen, ist das Chorgewölbe überaus kostbar ausgestattet. Diesen Meisterwerken spätgotischer Steinbildhauerei verdankt es den Beinamen «Himmlischer Hof». Die ornamentale Bemalung der Gewölbekappen wurde von Niklaus Manuel, hervorragendste Berner Künstlerpersönlichkeit der Reformationszeit, ausgeführt. Mit seiner plastischen Ausgestaltung ist das Chorgewölbe ein einzigartiges Kunstwerk.
Die überaus zahlreiche Gemeinschaft der Heiligen, die im Chorgewölbe des Berner Münsters dargestellt wird, unterstreicht die Bedeutung die das Heiligmässige in der katholischen Kirche hatte. Die Heiligen hatten in den Augen der Gläubigen eine Fürbitte- und Schutzfunktion, sie vermittelten zwischen dem irdischen Leben, dem sie entstammten, und der Sphäre des Göttlichen, in die sie durch ihr Leiden (Martyrium) und Zeugnis für den Glauben eingegangen waren. Heiligenbilder und Heiligen-Reliquien sowie die heilige Messe mit ihrem geheimnisvollen, rituellen Charakter dienten dabei als die wichtigsten Instrumente der Fürbitte für das Seelenheil der Gläubigen, wobei die katholische Kirche und ihre Geistlichkeit die alleinigen Garantinnen der Heilsvermittlung waren.
Dies ganz anders als in der reformierten Kirche, wo die institutionalisierte Kirche ihren Anspruch als exklusive Heilsvermittlerin aufgab und die göttliche Gnade bzw. das Individuum selbstverantwortlich damit vertraute (sola gratia, fide, scriptura).
Das Chorgestühl wurde zwischen 1522 und 1525 von Jacob Ruess und Heini Seewagen angefertigt - möglicherweise unter der Leitung von Niklaus Manuel. Es setzt im Münster einen Akzent in Anklang an die italienische Renaissance. Das Bildprogramm zeigt an den Rückwänden Brustbilder der Apostel (Nordseite) sowie der Propheten (Südseite). Auf den Aussenwangen des Chorgestühls werden biblische Szenen dargestellt, während die Figuren, welche die Sitze schmücken, Menschen aus dem täglichen Leben zeigen.
Das mit prachtvollen Wappenkartuschen geschmückte Mittelschiffgewölbe, das den grössten Raum im Münster mit seiner zu einem engen Netz verwobenen Rippenkonfiguration zusammenbindet und das Bild des Bauinnern massgeblich mitprägt, wurde erst 1573 unter Werkmeister Daniel Heintz d. Ä. eingezogen.
Anders als noch im Chorgewölbe, wo Heilige die Schlusssteine zieren, liessen sich bei der Fertigstellung des Mittelschiffgewölbes Vertreter der regierenden Patriziergeschlechter mit ihren Wappen an den Schlusssteinen verewigen. Sie setzten damit im Münster ihr Selbstverständnis als Repräsentanten einer Staatsmacht in Szene, die seit der Reformation auch über die Belange der Kirche und der Gläubigen gebot und diese auf dem Gebiet der Sitten und des Glaubens umfassend «massregelte». Symbolisch prangten die Wappen der Ratsherren im Gewölbehimmel über den Gläubigen, auf die sie herabschauten.